牌坊
原有三座，即“開天明道”、“繼天立極”、“開物成務”牌坊。
“開天明道”牌坊在大門前，處臺基之上。明嘉靖二年（1523年）創建。乾隆六年（1741年），秦知州李宏邀進京覲見回任的西寧道楊應琚書“開天明道”匾以更替已佚失的“太昊宮”匾。嘉慶十年至十二年（1805～1807年）間重修，并對“開天明道”匾重新翻刻。光緒十一年至十三年（1885～1887年）間又重修。牌坊通高11米，面闊3間計10.5米；檐樓三架，兩級廡殿頂，累經重建，依舊呈明代建筑風格。
“繼天立極”牌坊和“開物成務”牌坊，在臺基前當街。前者在東，后者在西，跨街而建，兩廂對峙。東牌坊界伏羲廟東墻，西牌坊界西墻。牌坊下各立一石，銘文告誡過往行人：騎馬者下馬，乘轎者下轎，以示對伏羲的崇敬。牌坊為明嘉靖十年（1531年）創建，清乾隆四年（1739年）、嘉慶十年至十二年（1805～1807年）間、光緒十一年至十三年（1885～1887年）間重修。1958年，天水市通行有軌電車，線路穿坊而過，為不影響運營，牌坊基座被整體加高１米左右。1972年4月被拆毀，明代榜書不明下落。
門坊
門坊又稱大門、正門、前門、頭門。明弘治三年（1490年）創建，嘉靖二年（1523年）、清順治十年（1653年）、乾隆四年（1739年）重修。嘉慶十年至十二年（1805～1807年）間由原來的3間擴建至5間，光緒十一年至十三年（1885～1887年）間又重修，始成今制。面闊5間計17米，進深2間計5.4米。懸山頂，綠瓦龍吻，質樸典雅。
儀門
儀門又稱二門，明嘉靖二年（1523年）創建。明代榜書“文祖”，清時改懸“道啟鴻濛”匾，現懸著名書法家楚圖南的“伏羲廟”匾。清順治十年（1653年）、乾隆四年（1739年）重修。嘉慶十年至十二年(1805～1807年）間由原3間擴建為5間，光緒十一年至十三年（1885～1887年）間又重修，始成今制。懸山頂，形制和大門同，規模略小，遙相對應，構成甬道式建筑。
先天殿
先天殿又稱正殿、大殿。在中院后部正中，是伏羲廟建筑群的主體建筑。明成化十九年至二十年（1483～1484年）創建的太昊宮是其前身，但原宮址未必是今殿址。嘉靖二年（1523年）擴建，時榜書“先天”因伏羲先天八卦而名。清順治十年（1653年）、乾隆四年（1739年）、嘉慶十年至十二年（1805～1807年）間、光緒十一年至十三年（1885～1887）間屢經重建，始成今制。面闊7間計26.4米，進深5間計14.05米。殿雄距寬闊的露臺之上，莊嚴宏偉，重檐歇山大頂襯以龍吻脊、雕花天宮寶剎，顯得高貴典雅，氣度非凡，雖屢經重修，依舊呈明代風貌。上檐殿身七架，下檐周匝回廊，間架結構自然，比例尺度合理。正面明間、次間、盡間隔扇門窗雕以龍、鳳、仙鶴、麋鹿等吉祥動物圖案，飾以牡丹、艾葉、松枝等植物，華麗精美。因閱歷久遠，色彩斑駁，時顯蒼桑氣息。殿內伏羲圣像高3米有余，手托八卦，目光如炬，正襟危坐神龕中，靈氣逼人。像右原有龍馬雕像、左原置河圖洛書石盤，民國30年（1941年）被十三臨時教養院生產合作社拆除，現已依原樣恢復。殿頂棚以井口天花和藻井（在正中）相伴裝飾；井口天花鑲嵌伏羲六十四卦卦象圖，而藻井施繪河圖和伏羲先天八卦圖，將裝飾和伏羲氏的業績緊密結合，別具特色。
明月之夜，置身中院，月光從古柏枝椏縫中篩落下來，銀輝瀉地，而先天殿檐牙上的老鐵鐘迎風搖曳，叮當聲輕盈入耳，猶如超入化境。
朝坊
分列于先天殿前東西兩側和太極殿前東西 兩側，相向對稱分布。中院、第三院都有。明 嘉靖二年（1523年）創建，當時有20間。清乾隆四年（1739年）修葺6間，新建14間。嘉慶十年至十二年（1805～1807年）間重修10間。光緒十一年至十三年（1885～1887年）間改建為16間，即中院先天殿前東西各5間，第三 院太極殿前東西各5間；現存太極殿東側3間，懸山頂，土木結構。1989年，天水市政 府投資在先天殿露臺前東西兩側重建朝房各5間，出廊式懸山頂磚木結構。朝房是仿宮殿式 建筑設置的，按古代慣例，文武官員上朝前先在朝房做準備活動，或面浴或整衣冠，而后靜待金鑾殿的上朝鐘鼓聲。文官居西朝房，武官居東朝房。伏羲廟的朝房平時閑置，舉行祭典時用以接待官員或相關人員，成為小憩用茶的場所。在清代，或許是想沾染人文始祖的靈氣吧，一些潛心科舉考試的士子，借住朝房，徹夜苦讀。
鐘鼓樓
分列先天殿露臺東西。清嘉慶十年至十二年（1805～1807年）間創建，均呈六角攢尖頂，小巧玲瓏。原來都是封閉式的，只留一面為門。現柱間的雕花窗欞已全部拆去，與亭無二致。
鐘樓在民國29年（1940年）十三臨時教養院進駐伏羲廟后，因失火被焚毀，清代的大鐵鐘下落不明。現存的鐘亭是1988年天水市博物館復原重建的。民間祭祀伏羲的組織“上元會”補鑄鐵鐘一口，懸置其中。
鼓樓依舊，而鼓早已不知去向。依據采訪所知，原來鼓樓的鼓很大很響，民國33年中國戲劇學社戴涯話劇團來天水演出話劇《雷雨》，還曾借用這面鼓伴奏雷聲。
碑廊
光緒十一年至十三年（1885～1887年）間改建為碑廊一列，共５間。1955年，天水師范搬入伏羲廟后，占用碑廊，將碑碣放翻另置。1990年，天水市政府投資在儀門內側東西新建碑廊兩列，共10間。卷棚頂，磚混結構，所有碑碣無均得以安置。
太極殿
太極殿又稱退殿、寢殿、寢宮，在第三院后部正中，依“前宮后寢”慣例而建。明嘉靖二年（1523年）創建，時榜書“太極”。清順治十年（1653年）、乾隆四年（1739年）、嘉慶十年至十二年（1805～1807年）間、光緒十一年至十三年（1885～1887年）間屢經重修，始成今制。面闊5間計17.7米，進深3間計9.38米。單檐歇山頂。正面裝飾不及先天殿華麗，但盡間龍鳳呈祥雕刻，鮮明生動，有很高的藝術價值。殿內設神龕，供伏羲圣像，比先天殿像略小而形體相似。不設頂棚，較先天殿簡陋。
來鶴軒
在先天殿西，自成院落。亭院之東墻即廟之西墻。清乾隆四年（1739年），秦州知州李□主持重修伏羲廟,忽有白鶴飛臨廟柏，古人視鶴為福壽吉祥的象征，為此建來鶴亭以資紀念。重修情況不詳。光緒二十六年（1900年），“隴南文宗”任其昌先生去世，學人私謚“文介公”，辟來鶴亭為生祠堂，于是亭亦被稱為任文介公祠，哈銳有聯“黛色參天有老柏；黃花滿地建新祠”即指此。民國10年（1921年），亭院內設存古學社和隴南十四縣縣志編纂局。時任承允、哈銳二先生主講學社，傳道授業。
戲樓
隔街和“開天明道”牌坊相對。清代創建，重修情況不詳，現殘存。硬山屋頂，上下兩層，高10米，面闊3間計8.1米。戲樓原是舉行伏羲祭典時唱戲的場所。每逢廟會，即于農歷正月十四、十五、十六唱戲三天，以招徠民眾，增加熱鬧氣氛，同時兼含向神致敬。所演劇目以熱鬧滑稽劇為主，白天唱全本，晚上唱折子。民國時演出多由秦腔劇班鴻盛社承當，《回荊州》、《香山寺還愿》成為固定劇目。民國34年（1935年）以后，間或亦有京劇、豫劇上演.
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