天水在夏、商時期屬雍州，周孝王十二年（公元前九世紀）贏非子在秦池（今張家川縣城南一帶）為王室養(yǎng)馬有功被封于秦，號贏秦。秦即后世的秦亭，是今天水市轄區(qū)見于史籍的最早地名。
秦武公十年（前688年），秦滅圭阝戎、冀戎，置圭阝（今天水市城區(qū)）、冀（今甘谷縣東）二縣，這是中國歷史上設置最早的兩個縣級建置。秦昭王二十八年（279年），設隴西郡。郡縣制在今轄區(qū)確立。
西漢武帝元鼎三年（前114年），從隴西、北地二郡析置天水郡。從此有“天水”的名稱。
三國魏文帝黃初元年（220年），一度設秦州。因秦邑而得名，從此有“秦州”的名稱。
西晉始，實行州郡縣三級制。晉武帝泰始五年（269年）秦州正式設立，今轄大部分由秦州天水郡轄。南北朝因亡。
隋唐時，實行州縣二級制，秦州地域縮小，地域和今轄區(qū)大體相當。元代，秦州轄成紀、秦安、清水3縣。
明代，秦州轄秦安、清水、禮縣3縣。清雍正七年（1729年），秦州升為直隸州，直隸甘肅省，轄秦安、清水、兩當、徽縣、禮縣5縣。
民國2年（1913年），2月，北洋政府推行省、縣二級制，暫存道制。鞏秦階道改稱隴南道。撤秦州設天水縣。民國3年1月，寧遠縣改稱武山縣。6月，隴南道改稱渭川道，轄14縣。民國16年（1927年）7月，渭川道改稱渭川行政區(qū)。不久，撤銷行政芪 ，實行純粹的省縣二級制。民國18年（1929年），伏羌縣改名甘谷縣。民國23年（1934年），甘肅省政府設立天水行政督察區(qū)。次年，改稱甘肅省第四行政督察區(qū)，轄10縣。
1949年8月3日，天水縣解放。8月15日，天水分區(qū)行政督察區(qū)成立。同年12月，天水分區(qū)改稱天水專區(qū)。1950年2月，析天水縣置天水市，以城區(qū)為天水市的行政區(qū)域。
1953年7月6日，將清水、秦安、莊浪、隴縣38鄉(xiāng)合并成立張家川回族自治區(qū)（1955年10月改稱縣），屬天水專區(qū)。1958年4月8日，撤銷武都專區(qū)，并入天水專區(qū)。1961年11月5日，恢復武都專區(qū)。
1969年10月1日，天水專區(qū)改稱天水地區(qū)。（時轄天水市、天水縣、甘谷縣、武山縣、清水縣、張川縣、秦安縣、徽縣、兩當縣、禮縣、漳縣等1市11縣）。
1985年7月8日，國務院批準，撤銷天水地區(qū)，實行市管縣體制。天水市升為地級市。撤銷天水縣、將其行政區(qū)域并入天水市。天水市設立秦城、北道兩區(qū)。以天水縣西南17鄉(xiāng)及原天水市（縣級）轄區(qū)設秦城區(qū)，以天水縣東南、西北其余22鄉(xiāng)和北道鎮(zhèn)設北道區(qū)。天水市人民政府駐秦城區(qū)。將原天水地區(qū)的徽縣、兩當、西和、禮縣劃歸新成立的隴南地區(qū)；漳縣劃歸定西地區(qū)。天水市轄兩區(qū)五縣；即秦城、北道兩區(qū)，秦安、清水、張家川、甘谷、武山等5縣。
經(jīng)國務院批準，從2005年1月1日起, 秦城、北道兩區(qū) 更名為秦州區(qū)和麥積區(qū)。
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