此前這似乎是難以想象的：已是千年高齡的莫高窟，能與日新月異的數字技術間存在聯系？但敦煌研究院巧妙地將這二者聯系在了一起，并且使這種聯系一日日地密切起來。
通過與美國的梅隆基金會、西北大學合作，“敦煌壁畫計算機儲存再現關鍵技術攻關項目”，目前已獲取莫高窟２０個典型洞窟壁畫的高分辨率數字化圖像，實現了４０個洞窟的實景漫游。借助數字技術，這種虛擬洞窟不但能使觀者身臨其境，且能比在狹小的洞窟內更為清晰地領略到莫高窟的建筑、彩塑以及壁畫等等。專家指出，“虛擬洞窟”的出現，不但可以避免壁畫受損，還促進了敦煌文化財富的記錄和保存，使莫高窟的延年益壽成為可能。
同時，隨著互連網站、電子閱覽室，圖書館數字化管理的實現，敦煌研究院擁有了一個既能追蹤世界前沿信息，又能不斷公開和展示自己研究成果的信息服務體系。這一服務體系為今后將數字技術全方位引入敦煌文物的保護、研究與利用奠定了堅實基礎。
如果說敦煌研究院將８５窟項目、數字技術開展得如同外科手術一般精細，與此相比，對莫高窟所存在的大環境的治理，線條似乎要粗獷得多。
但這種粗線條的保護卻令在窟頂肆虐了千年的風沙服貼了許多。今日站在窟頂，一眼望去，所看到的不再是無遮無攔的黃沙，“Ａ”字型尼龍網柵欄、麥草方格、棉花秸方格織就的大網，以及南北綿延２公里的沙生植物林帶，將長年在窟頂經由的三組風向降服。與最初的清理積沙相比較，這種治沙方式顯然是一種更為主動的保護方式，而這還只是收服風沙的開始。在形成了預防性保護理念之后，敦煌研究院繼而思索建立一個由工程、生物、化學措施組成的多層次、多功能的綜合防護體系。可以說，這是目前治理風沙的最佳途徑。
保護是第一位的，同時保護也是全方位的：莫高窟上中寺保護維修，莫高窟北區崖體加固，莫高窟、榆林窟、西千佛洞防洪工程……從南區到北區，從窟頂到窟前，在預防性保護理念的支持下，五年間，敦煌研究院對莫高窟細致而又全面的呵護，使得這座世界文化遺產愈加璀璨奪目。
保護與利用間的矛盾，永遠是莫高窟難以承受之重有人說，許多曠世奇寶不是被千年的風雨所損害，而是出土后因保護不善或者利用不當所破壞。從某種程度上講，保護和利用似乎是一種此消彼長的關系，既要使文物得到充分保護，又要使利用效益最大化，至少用博弈論來看，這是不可能的。
近５年，莫高窟共接待中外游客１８０萬人次，其中２００１年超過３１萬人次，２００４年超過４３萬人次，２００５年超過了４７萬人次，并以每年１０％的速度增長。這在極大拉動地方經濟發展的同時，也給石窟文物的保護和管理帶來了日益嚴峻的挑戰：每年夏秋季，蜂擁而至的游客使莫高窟洞窟內的溫度、濕度、二氧化碳反復循環升降對彩塑和壁畫的保存帶來嚴重的潛在威脅。游客最多的時候，接待部所有的導游全部上陣帶團也不夠用，只能采取每個開放洞窟各蹲守一個導游的辦法。守一天下來，人都要窒息，已是脆弱不堪的塑像壁畫若能言語，想來也會叫苦不堪。
２００５年底，敦煌鐵路即將開通的喜訊傳來，就在旅游者為前往敦煌更便捷而歡呼的時候，敦煌研究院卻在為莫高窟的處境憂心忡忡。
從保護者與管理者的角度出發，限制公眾接觸文物也許是最好的保護方法。然而這也失去了文物存在的部分價值，顯然并非良策。
不能因為保護不讓游客前來，也不能因為開放而犧牲不可再生的文物。怎樣利用最為合理？怎樣能讓游客滿意而歸？
怎樣才能找到保護與利用間的平衡點？
這成為最令敦煌研究院頭疼的問題。
實行旅游團參觀預約制度；開辟藏經洞陳列館、敦煌研究院院史陳列館；增加洞窟參觀線路；淡季增加特窟開放……辦法想了很多，但這些辦法只能是在一定程度上緩解矛盾，而不能從根本上化解矛盾。
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