怎樣化解？樊錦詩和她的同事們相信“辦法都是人想出來的。”一個兩全之策，甚或可以永久性無損保存莫高窟的新方案在思索中漸漸露出輪廓。
２００２年，一份名為《建設莫高窟游客服務中心的建議》的提案由樊錦詩院長提交給全國政協。該提案一經提出，便被列為重點提案。根據建議，游客中心建成后，將利用數字技術全面展示莫高窟的自然歷史背景與洞窟內容，為游客提供更為優質的服務；而且還可大大減少游客在洞窟內的滯留時間，緩解日益增加的游客給壁畫彩塑帶來的潛在威脅。
方案提出３年之后，敦煌研究院通過與有關方面的合作，以數字技術和計算機技術為基礎的莫高窟游客服務中心已顯雛形：莫高窟游客承載量的現場測定、流量分析研究等工作已完成。其中游客承載量研究表明：莫高窟目前合理游客承載量為２９００人次／日，但最高峰值實際已達到５０００人次／日。
而在未來５年－１５年，莫高窟的游客流量仍將繼續攀高，預計游客流量峰值將達到８０００－１６０００人次／日。
游客中心建成后，在等待進洞窟的時間里，游客可以在那里先了解有關莫高窟的詳細情況，可以通過虛擬洞窟清晰地領略莫高窟的博大，之后再進入洞窟切身感受。這樣，不但游客能看得更好更明白，洞窟也會因游客逗留時間減少而有了喘息機會。同時，莫高窟的接待量也將大大提高，據初步測算，游客承載量能達到５８００人次／日。
盡管每年遞增的游客給接待帶來很大壓力，但敦煌研究院從不因此將游客拒之門外，他們只是一再呼吁：“莫高窟一年四季都很美，莫高窟３６５天都對外開放。我們只是希望，為了莫高窟，也為了游客能靜心欣賞，大家不要扎了堆趕在旺季來。”呼吁的同時，他們在怎樣更為合理地利用莫高窟方面所做出的種種嘗試，包括游客中心這一頗具前瞻性建議的提出，使人們有理由相信，保護與利用間的矛盾并非死結。
有效的管理就如同一根繩子，可以將美麗卻散亂的珠子穿成串上世紀８０年代末的一天，有位經常與敦煌研究院打交道的外國專家對樊錦詩說：“你們就是缺管理。”管理？一句話如醍醐灌頂，驚醒了雖非管理專業出身，但已從事管理工作多年的樊錦詩。此前，怎么就沒意識到管理是門學問呢？驚醒之后，這位將敦煌視作生命一樣珍貴的人陷入了思索：“我們吃了那么多苦就是為了保護好敦煌，但顯然，事事都離不開你并不是件好事。”思索的結果告訴她：管理不僅是門學問，并且是門大學問。
敦煌研究院在經過半個多世紀的發展之后，在技術、人才等方面都有了相當的積蓄。但如何將這些積蓄最大限度發揮作用，卻無法離開“管理”二字。
如果將這些積蓄比做珍珠，那么有效的管理就如同一根繩子，它可以將這些美麗但卻散亂的珠子穿成串。一套科學、完善的管理方法在摸索中逐漸成型，在這套管理方法中，法律化、制度化管理是最值得書寫的一筆。
２００２月１２月，甘肅省有關文物保護的第一部地方性專項法規———《甘肅省敦煌莫高窟保護條例》出臺。這部由敦煌研究院積極建議，并協助甘肅省人大、省政府起草的條例，對莫高窟的文物保護、管理的方針、執法主體、范圍、對象、獎懲等重要事項作出了明確規定。從那時起，莫高窟前大泉河東岸到石窟崖沿起向西延伸兩公里的區域、莫高窟向北延伸至省道２１７線１１公里里程碑處，甚至以公路為中心向兩側各延伸３．５公里的區域，都受到了法律的保護，而莫高窟也自此進入了法律保護時代。
依靠法律有效管理文化遺址，是敦煌研究院給“管理”做出的一種詮釋。他們為管理做出的另一種詮釋，是為莫高窟制定一個長期的規劃，這個規劃應該能夠真實、全面地保存并延續敦煌莫高窟歷史信息及其全部價值。
２００５年８月，以“保存遺產本體及其環境的真實性、完整性、延續性”為原則的《敦煌莫高窟保護總體規劃》順利通過論證。這部規劃是敦煌研究院與美國蓋蒂保護研究所、澳大利亞遺產委員會和中國建筑設計研究院建筑歷史研究所數年合作的結晶，它將敦煌文物的保護、研究、利用、管理等工作悉數置于科學指導之下。
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